La CONAMYPE se caracteriza por contar dentro de su Comisión Nacional o Junta Directiva, con instituciones y personas que trabajan por el sector de la micro y pequena empresa, lo cual le da a la institución un carácter participativo. La preside el Ministro de Economía y a él lo suple cualquiera de los dos Viceministros. El resto de los miembros, entre propietarios y suplementes, provienen de gremiales del sector, ONG's, programas nacionales de apoyo a la MYPE, y un miembro propietario y un suplente de exclusiva elección del Presidente de la República .

A nivel organizativo, CONAMYPE esta conformado por tres niveles: en el primer nivel se encuentra la Comisión Nacional, el segundo nivel corresponde a la Dirección Ejecutiva quien coordina a la Sub-Dirección Ejecutiva, la Sub-Dirección Administrativa, así como a la Gerencia de Planificación y cuatro unidades:

• Gestión del conocimiento y calidad
• Jurídico
• Comunicaciones, prensa y visibilidad
• Incidencia política

El tercer nivel es de caracter operativo, y está constituido por la Gerencia Administrativa y la Gerencia de Desarrollo Económico Territorial, la cual coordina el trabajo de las Oficinas Regionales de CONAMYPE.

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